Στα τέλη του πολέμου τα πλοία του στόλου διεσπάρησαν στα νησιά και τα λιμάνια του Αιγαίου, με σκοπό την εκδίωξη των τελευταίων πυρήνων του εχθρού, τη συνοδεία νηοπομπών με τρόφιμα και εφόδια για τον άμαχο πληθυσμό και την αναζωογόνηση των παλαιών Ναυτικών Διοικήσεων, που θα βοηθούσαν στην εγκαθίδρυση της ελληνικής διοίκησης. Συμμετείχε κυρίως στην εκδίωξη των δυνάμεων του ΕΑΜ-ΕΛΑΣ από τις παράλιες περιοχές και ιδιαίτερα από την περιοχή της Αθήνας. Με την ανασυγκρότηση του ελληνικού κράτους, η ανάγκη ανανέωσης των πλοίων του στόλου ήταν περισσότερο από επιτακτική. Τα περισσότερα από τα πλοία παραχωρήθηκαν στα πλαίσια της Αμερικάνικης Στρατιωτικής Βοήθειας, ενώ αλλά δανείστηκαν και επεστράφησαν, ενώ πολύ λίγα αγοράστηκαν. Τα περισσότερα από τα πλοία που μας παραχωρήθηκαν βρίσκονταν σε άσχημη κατάσταση και χρειάζονταν μετατροπές, επισκευές και ανανέωση στον οπλισμό τους - λίγα ήταν πραγματικά καινούρια. Ενδεικτικά αναφέρουμε τα ακόλουθα : το 1947 παραχωρήθηκαν από τις ΗΠΑ έξι κανονιοφόροι («ΑΡΣΛΑΝΟΓΛΟΥ», «ΜΠΛΕΣΣΑΣ», «ΠΕΖΟΠΟΥΛΟΣ», «ΜΕΛΕΤΟΠΟΥΛΟΣ», «ΧΑΤΖΗΚΩΝΣΤΑΝΤΗΣ» και «ΛΑΣΚΟΣ»). Ως μέρος των ιταλικών επανορθώσεων, το 1950, παραχωρήθηκε το καταδρομικό «ΕΛΛΗ», ενώ το 1951, παραχωρήθηκαν από τις ΗΠΑ τα αντιτορπιλικά «ΔΟΞΑ» και «ΝΙΚΗ», οι ναρκοθέτιδες «ΑΚΤΙΟΝ» και «ΑΜΒΡΑΚΙΑ», το δεξαμενόπλοιο «ΝΑΥΚΡΑΤΟΥΣΑ» και τα υποβρύχια «ΠΟΣΕΙΔΟΝ» και «ΑΜΦΙΤΡΙΤΗ». Κατά την περίοδο 1958-1960 παραχωρήθηκαν από τις ΗΠΑ έξι οχηματαγωγά, τέσσερα αντιτορπιλικά τύπου Fletcher, τα «ΑΣΠΙΣ», «ΒΕΛΟΣ», «ΛΟΓΧΗ» και «ΣΦΕΝΔΟΝΗ», δύο αποβατικής υποστηρίξεως, τα «ΒΛΑΧΑΒΑΣ» και «ΜΑΡΙΔΑΚΗΣ», και τρία αρματαγωγά, τα «ΙΚΑΡΙΑ», «ΛΕΣΒΟΣ» και «ΡΟΔΟΣ». Το 1964 παρελήφθη το υποβρύχιο «ΤΡΙΑΙΝΑ», καθώς και έξι ναρκαλιευτικά («ΑΗΔΩΝ», «ΑΙΓΛΗ», «ΔΑΦΝΗ», «ΔΩΡΙΣ», «ΚΙΧΛΗ» και «ΚΙΣΣΑ»).Με τη δικτατορία των Συνταγματαρχών το 1967, το Ναυτικό, με πρώτο τον Αρχηγό ΓΕΝ, Αντιναύαρχο Κ. Εγκολφόπουλο, που παραιτήθηκε εξέφρασε από την αρχή την αντίθεση του στην κατάλυση της δημοκρατίας. Στους μήνες που ακολούθησαν αποστρατεύτηκαν αναγκαστικά 61 αξιωματικοί από τις τάξεις του. Κορύφωση της αντιστασιακής δημοκρατικής δράσης του αποτέλεσε το λεγόμενο «Κίνημα του Ναυτικού», που τελικά δεν εκτελέστηκε, αλλά κατάφερε καίριο πλήγμα στη χούντα και ανέτρεψε τα σχέδια της. Στις 25-5-1973, το αντιτορπιλικό «ΒΕΛΟΣ» κατέπλευσε στο λιμάνι Φιουμιτσίνο της Ιταλίας και με τη διαφυγή του αυτή εκφράστηκε η θέληση της συντριπτικής πλειοψηφίας των Ενόπλων Δυνάμεων και του λαού να πληροφορήσουν και να καταγγείλουν στη παγκόσμια κοινή γνώμη ότι στην Ελλάδα είχε επιβληθεί ένα παράνομο καθεστώς βίας από επίορκους αξιωματικούς. Κατά την επίθεση στην Κύπρο, ιδιαίτερη μνεία αξίζει να γίνει στις δύο τορπιλακάτους «Τ1» και «Τ3», οι οποίες τα ξημερώματα της 20 ης Ιουλίου 1974, με την εμφάνιση της τουρκικής ναυτικής δύναμης του ΑΤΤΙΛΑ έξω από την Κερύνεια, απέπλευσαν, αλλά η αμυντική τους προσπάθεια καταπνίγηκε από την έντονη αεροπορική επίθεση, εκεί σκοτώθηκε ο Κυβερνήτης της «Τ3» υποπλοίαρχος ΕΛΕΥΘΕΡΙΟΣ ΤΣΟΜΑΚΗΣ μαζί με όλο το πλήρωμα. Επίσης την ίδια μέρα, το αρματαγωγό «ΛΕΣΒΟΣ», με κυβερνήτη τον πλωτάρχη ΕΛΕΥΘΕΡΙΟ ΧΑΝΔΡΙΝΟ, στην Πάφο, βομβάρδισε επί ώρα τον τομέα της τουρκικής στρατιωτικής δύναμης που στάθμευε στο νησί, κάτω από το ενετικό φρούριο της πόλης, μέχρι την τελική της παράδοση. Το γεγονός ότι το συγκεκριμένο πλοίο αποβίβασε τη δύναμη της ΕΛΔΥΚ, που μόλις είχε παραλάβει για την Ελλάδα, παρερμηνεύτηκε από τους Τούρκους ότι δήθεν γίνεται απόβαση του ελληνικού στόλου έτσι, τα τουρκικά αεροσκάφη βύθισαν ένα τουρκικό αντιτορπιλικό, ενώ ένα άλλο υπέστη σοβαρότατες ζημίες.Μετά τη μεταπολίτευση και ιδιαίτερα από τα τέλη της δεκαετίας του '80, το ναυτικό επεξεργάζεται καινούρια σχέδια για την άμυνα της χώρας στα πλαίσια της Ευρωπαϊκής Ένωσης και της νέας δομής του ΝΑΤΟ, σύμφωνα με τα οποία οι σκοποί του δεν εξαντλούνται στη θωράκιση των συνόρων της χώρας μας, αλλά επιβάλλεται και η συνεισφορά του σε ειρηνευτικές επιχειρήσεις με την αιγίδα του ΟΗΕ. Από το 1982 καθιερώθηκε η οργάνωση των εξοπλιστικών προγραμμάτων και των αγορών των Ενόπλων Δυνάμεων με βάση πενταετή.
Το αξιόμαχο του Ναυτικού και η καίρια γεωπολιτική θέση της χώρας αναδείχθηκαν και στην πρόσφατη κρίση του Κόλπου, κατά την οποία ο ναύσταθμος της Σούδας συντήρησε 97 πλοία, φόρτωσε και ξεφόρτωσε 13.000 τόνους υλικών, εξυπηρέτησε 31.000 πτήσεις και τροφοδότησε αεροσκάφη με 4.500 εκ. λίβρες υγρά καύσιμα, λειτουργώντας 24 ώρες το 24ωρο με εξουθενωτικούς ρυθμούς, πράττοντας το καθήκον του κατά τρόπο άψογο. Για την εφαρμογή των κυρώσεων σε ό,τι αφορά τη διακίνηση αγαθών προς και από το Ιράκ, συμμετείχε με τις φρεγάτες «ΕΛΛΗ» και «ΛΗΜΝΟΣ» στη διασυμμαχική ναυτική δύναμη. Επίσης, συμμετείχε με δύο πλοία του κατά την Αλβανική κρίση του 1997 στη μεταφορά ξένων υπηκόων από την Αυλώνα και το Δυρράχιο στην Ελλάδα.
Στις 31-1-1996 το Ναυτικό θρήνησε την απώλεια τριών αξιωματικών του κατά τις επιχειρήσεις στην κρίση των βραχονησίδων Ίμια, ΒΑ της Καλύμνου, τους υποπλοιάρχους Χρ. ΚΑΡΑΘΑΝΑΣΗ και Π. ΒΛΑΧΑΚΟ ΠΝ και τον αρχικελευστή Ε. ΓΙΑΛΟΨΟ.
Με την αλλαγή του δόγματος για τον ενιαίο αμυντικό χώρο Ελλάδας και Κύπρου το 1997, το Πολεμικό Ναυτικό αποσκοπεί στην ανάπτυξη της ναυτικής ισχύος στην εξαιρετικά σημαντική αυτή περιοχή της ΝΑ Μεσογείου, στην εξασφάλιση της εδαφικής ακεραιότητας στην Ελλάδα και την Κύπρο, στο να διαφυλάσσει τα κυριαρχικά μας δικαιώματα στην υφαλοκρηπίδα, να διατηρεί ανοιχτές τις θαλάσσιες γραμμές επικοινωνιών και να συντελεί στην τήρηση υψηλού ηθικού στο νησιωτικό πληθυσμό και στα στρατεύματα των νησιών. Παράλληλα, εκτελεί μεταφορές προς όφελος των άλλων κλάδων των Ενόπλων Δυνάμεων και συμβάλλει, με αερομεταφορές κυρίως, στην εξυπηρέτηση άμεσων αναγκών υγείας του πληθυσμού των νησιών. Τέλος, η ναυτική παρουσία στα ελληνικά νησιά και ιδιαίτερα στα νησιά του ανατολικού Αιγαίου και στην ευρύτερη περιοχή της Κέρκυρας είναι συνεχής, με περιπολίες πολεμικών πλοίων αφενός, για την αντιμετώπιση ενεργειών που στρέφονται κατά των κυριαρχικών μας δικαιωμάτων, και αφετέρου στην ενίσχυση του Λιμενικού Σώματος στην απαγόρευση εισόδου λαθρομεταναστών στη χώρα και στην αντιμετώπιση των προβλημάτων διακίνησης ναρκωτικών, λαθρεμπορίας όπλων κλπ.
